18 #include "BaseAsciiMap.h"
37 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005"
38 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005"
39 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\004\005"
40 "\000\001\002\003\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005"
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47 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005"
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52 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005"
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74 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005"
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95 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005"
96 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005"
97 "\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005\005"
137 BaseAsciiMap::BaseAsciiMap()
138 : myNumPrimerBases(1)
140 myBase2IntMapPtr = NULL;
143 BaseAsciiMap::~BaseAsciiMap()
static unsigned char base2complement[]
This table maps 5' base space to the 3' complement base space values, as well as 5' color space value...
static unsigned char color2int[256+1]
Map ASCII values to a 2 (or 3) bit encoding for the base pair value for just color space (0123).
static unsigned char base2int[256+1]
Map ASCII values to a 2 (or 3) bit encoding for the base pair value for just base space (ACTGNactgn).
static const char int2colorSpace[]
Convert from int representation to colorspace representation.
static unsigned char baseColor2int[256+1]
Map ASCII values to a 2 (or 3) bit encoding for the base pair value for both base and color space.
static const char int2base[]
Convert from int representation to the base.